• Atom() : Atom
• AtomCopy() : SubSystem
• AtomMove() : SubSystem
• bbd() : SubSystem
• bmv() : SubSystem
• defineParams() : PND
• Dmod() : SubSystem
• EvalProps() : SubSystem
• InitNeighborNode() : SubSystem
• Kick() : SubSystem
• Loss() : PND , ScratchPad
• LossPreTrain() : PND
• mainTrain() : PND , ScratchPad
• PND() : PND
• PreTrain() : PND
• RandR() : SubSystem
• RandVec3() : SubSystem
• ShiftAtoms() : SubSystem
• SubSystem() : SubSystem
• Update() : SubSystem
• UpdateParamsNADAM() : PND , ScratchPad
• UpdatePreParamsNADAM() : PND
• WrapAtoms() : SubSystem
• WriteXYZ() : SubSystem